1、在每个主目录下都建立独立的images目录。
默认的，一个站点根目录下都有一个images目录。如果将所有图片放在这一个目录下，若在需要将某个住栏目打包供网友下载，或者要将某个栏目删除时，图片的管理就相当麻烦了。实践证明，为每个目录建立一个独立的images目录是使管理最方便的方法。而根目录的images只用来放首页和一些次要栏目的图片就OK。
2、目录的层次不要太深。
母的层次建议不要超过三层。这样维护和管理也会相对简单的多。
3、不要将所有文件都都存放在根目录下。
有些网站开发者为了方便，将所有文件都放在根目录下，这样造成的不利影响在于：
1)文件管理混乱。你常常搞不清那些文件需要编辑和更新，哪些无用的文件可以删除，哪些是相关联的文件，从而影响工作效率。
2)上传速度慢。服务器一般都会为根目录建立一个文件索引。当你将所有文件都放在根目录下，那么你只上传更新一个文件，服务器也需要将所有文件在检索一遍，建立新的索引文件。很明显，文件量越大，等待的时间也越长。所有，给你的建议是：尽可能减少根目录的文件存放数。
4、按栏目内容建立子目录。
子目录的建立，首先按主菜单栏目建立，例如：网页教程类站点可以根据技术类别分别建立独立的子目录，像Flash，Dhtml，JavaScript等；企业站点可以按公司简介、产品介绍、价格、在线订单、反馈联系等建立等建立相应目录。
其他的次要栏目，类似what's new，友情链接内容较多，需要经常更新的也可以建立独立的子目录；而一些相关性强，不需要经常性更新的栏目，如关于本站、关于网站、站点经历等合并放在一个统一的目录下。
所有程序一般都存放在特定的目录下。例如，CGI程序放在cgi-bin目录下，便于维护管理。所有需要下载的内容也最好放在一个目录下。
